Wimmer war Fürth-Kandidat
Zuvor galt Wimmer als heißer Kandidat auf den Posten beim deutschen Zweitligisten Greuther Fürth, wie "Sky"-Transfer-Insider Florian Plettenberg berichtete. Dort erhielt allerdings Jan Siewert den Zuschlag.
Zwischen Jänner 2023 und Mai 2024 trainierte Michael Wimmer die Wiener Austria. Zuvor war er Co-Trainer bei Augsburg sowie Stuttgart und übernahm auch die Rolle als Interimstrainer beim VfB. Das Engagement in Favoriten war Wimmers erster langfristiger Cheftrainer-Posten im Profifußball.