Auch im zweiten Abschnitt machen die Lombarden dort weiter, wo man im ersten Durchgang aufgehört hat. So schlagen die Hausherren durch Ruggeri kurz nach Wiederbeginn erneut zu (52.) und sorgen für die Vorentscheidung - 2:0!
Danach versucht Marseille zwar noch irgendwie in das Duell zurückzukommen, was an diesem Abend aber einfach nicht gelingen will. Denn den Schlusspunkt setzen abermals die Italiener durch Toure, der in der Nachspielzeit auf 3:0 stellen kann (90.+5).
So steigt Atalanta am Ende verdient mit einem Gesamtscore von 4:1 ins Endspiel auf und trifft dort am 22. Mai in Dublin auf Bayer Leverkusen, das sich nach dem Last-Minute-2:2 gegen die AS Roma mit dem Gesamtscore von 4:2 durchsetzt.
Das Finale steigt am 22. Mai um 21:00 Uhr, gespielt wird in der irische Dublin Arena.