Der Wiener, der als Aktiver 267 Pflichtspiele für den FAK bestritten hat, war von Sommer 2005 bis Oktober 2006 zunächst Trainer und dann sportlicher Leiter bei der Austria, 2012/13 kehrte er erstmals zu den Veilchen zurück und führte sie zum Meistertitel. Danach trainierte Stöger den 1. FC Köln und Borussia Dortmund.
Ralf Muhr bleibt übrigens weiterhin Sportdirektor der Austria, für den vormaligen Akademieleiter wird sich im Tagesgeschäft durch die Bestellung Stögers nichts viel ändern.
Stöger wird auf einer Ebene mit Markus Kraetschmer als Vorstand agieren. Der zweite Vorstands-Posten war seit der Pensionierung von Thomas Parits im Sommer 2015 unbesetzt.