Letztgenannter war bereits von 2008 bis 2011 als Co-Trainer bei Hoffenheim tätig, ehe er 2012 das Amt des Cheftrainers beim FC Liefering übernahm. Im Juni 2015 folgte das Engagement beim FC Red Bull Salzburg, das nach ausbleibenden Ergebnissen jedoch bereits nach 25 Spielen ein Ende fand.
Aktuell trainiert Zeidler den FC St. Gallen, der nach 28 gespielten Runden in der Schweizer Super League etwas überraschend an der Tabellenspitze liegt. In St. Gallen besitzt der 57-jährige Deutsche noch einen Vertrag bis zum Juni 2022.