Der Innenverteidiger stand seit 2008 in den Reihen des BVB, für den er 192 Ligaspiele (15 Tore) bestritt.
FC-Trainer Peter Stöger: "Wir freuen uns alle auf Neven und seine Zeit bei uns. Seine Jahre in Dortmund waren von herausragenden Erfolgen geprägt, er war an den Titelgewinnen maßgeblich beteiligt. Inzwischen liegt eine nicht ganz so einfache Zeit hinter ihm. Diese Situation hat es uns überhaupt erst erlaubt, uns mit ihm zu beschäftigen. Wir sind überzeugt davon, dass Neven Subotic für unsere Mannschaft im kommenden halben Jahr ein wichtiger Spieler sein kann."
"Als ehrgeiziger Profi gilt mein Fokus ab heute zu 100 Prozent dem 1. FC Köln. Ich will wieder in der Bundesliga Fußball spielen – das treibt mich an", so die neue Nummer 2 der Domstädter.