Kramer hat seine Trainerkarriere bei Greuther Führt begonnen, war danach Amateure-Coach in Hoffenheim, anschließend kehrte er als Cheftrainer nach Fürth zurück, ehe er 2015 auch bei Fortuna Düsseldorf auf der Bank saß.
Im vergangenen Sommer hat der langjährige Nachwuchsleiter Ernst Tanner Salzburg verlassen, um Sportdirektor beim MLS-Klub Philadelphia Union zu werden. Seither ist Manfred Pamminger interimistisch im Amt.