Nach dem Abenteuer Mattersburg unterschrieb Maierhofer in der zweiten Liga der Schweiz beim FC Aarau. Trotz elf Maierhofer-Toren im ersten Jahr verpasste Aarau den Aufstieg in die erste Liga nur knapp. Nach einem weiteren halben Jahr inklusive zwei weiterer Tore war für den "Major" in der Schweiz wieder Schluss.